A-Nationalmannschaft

Rafinha wurde im Januar 2008 zum ersten Mal für die brasilianische Nationalmannschaft nominiert. Anlass war ein Freundschaftsspiel gegen Irland in Dublin. Er saß jedoch über die gesamte Spielzeit auf der Ersatzbank und kam nicht zum Einsatz.
Sein erstes Spiel bestritt er dann zwei Monate später im Freundschaftsspiel gegen Schweden in London. Er wurde in der zweiten Halbzeit für Daniel Alves eingewechselt und fügte sich gut ins Spiel seiner Mannschaft ein.
Nach guten Leistungen in der brasilianischen Olympiamannschaft wurde er für die WM-Qualifikationsspiele gegen Chile und Bolivien in die „Selecao“ berufen.

Jugendnationalmannschaft

Nach herausragenden Spielen bei Coritiba wurde Rafinha eingeladen, mit der U-20-Nationalmannschaft Brasiliens an der U-20-WM 2005 in den Niederlanden teilzunehmen. Bei diesem Turnier empfahl sich Rafinha für europäische Vereine.
Als einer der Besten des Teams erregte er vor allem im Viertelfinale Aufmerksamkeit. Der Verteidiger erzielte das Siegtor beim 2:1 gegen Deutschland. Brasilien erreichte insgesamt den dritten Platz. Bald darauf wurde Rafinha von Schalke 04 verpflichtet.
Rafinha nahm auch an den Olympischen Spielen 2008 in Peking teil. Er zeigte erneut gute Leistungen und half der Olympia-Auswahl Brasiliens, die Bronzemedaille zu erringen.